第 1 週工作週報
Overview · 本週總覽
這禮拜做了什麼
96個吸附位點就緒
2支自動化腳本
1份論文骨架
研究前置(主角)
Research
HER 輸入檔一鍵產生、逐項搞懂 INCAR、立論文骨架
個人網站
Build
證照牆、VASP 速查上線,發佈流程更安全
三個 Side Project
Others
寵物日記、AI 圓桌、文獻分析各有推進
研究(文獻+自己寫的前置工具)是主軸,寫最詳細;其餘放後面簡短帶過。
Research 1 · 計算前置
HER 輸入檔:一鍵開出整批計算
教授給面
產生輸入檔
分發 POTCAR
先送 5–10 個測收斂
全批上 Taiwania 3
- 寫
generate_H_inputs.py:吃一個 slab 的 POSCAR,自動枚舉 top / bridge / hollow 位點,每個位點一個資料夾(含 POSCAR/INCAR/KPOINTS) - 附兩個參考計算:
clean_slab(乾淨表面)與H2_molecule(算 ½E(H₂)) - 寫
distribute_potcar.py:照 POSCAR 元素順序串接贗勢並驗證TITEL - 只依賴 numpy —— 上國網 Taiwania 3 不必另外裝套件
目前只把「輸入檔」開出來,還沒上機計算 —— 能不能收斂、ΔG_H* 多少,上機跑過才知道。
Research 2 · 為什麼不能偷懶
隨機合金表面:只能老實枚舉
難點
- 隨機合金表面**沒有對稱**可利用
- slab 整片亂飄就不收斂
- Windows cp950 印中文會報錯中斷
怎麼解
- **幾何鄰居法**枚舉 top/bridge/hollow
- Selective Dynamics 固定底層(模擬塊材)
- stdout 強制轉 UTF-8
俯視看得出 Co/Pt 隨機分布 —— 正是「沒有對稱、只能逐一枚舉」的原因。
Research 3 · 參數
逐項搞懂 INCAR:防不收斂三寶
教授說過:計算不收斂
- Co 是磁性元素 —— 不開自旋能量會錯、常卡住
- 金屬用錯抹平方式 —— 能量抖動
- 離子步不足 —— 結構沒鬆弛完就被截斷,變成假的「沒收斂」
對應設定(待上機驗證)
ISPIN = 2:開自旋極化ISMEAR = 1、SIGMA = 0.1:金屬用 Methfessel–PaxtonNSW = 300、EDIFFG = -0.02、IVDW = 11
Research 4 · 論文與速查
論文骨架 + VASP 四大輸入檔速查
POSCAR
原子在哪
順序即身份,第 6/7 行定元素種類與數量
INCAR
怎麼算
精度、收斂、弛豫全在這
KPOINTS
倒空間取樣
slab 用 3 3 1,c 方向真空層只取 1 點
POTCAR
贗勢
Co_pv / Pt / H,串接順序跟 POSCAR 一致
同時起草論文章節骨架(聚焦 Pt–M 二元合金篩選),大綱先定、內容隨計算進度再補。
Research 5 · 描述符
目標量:ΔG_H* 越接近 0 越好
E(slab+H)
− E(slab)
− ½E(H₂)
+ 0.24 eV
= ΔG_H*
- **不是越負越好**:太強 H 放不掉、太弱 H 上不來
- 接近 0=**火山頂點**,最利於 HER
- 純 Pt 已近頂點但太貴 —— 用 **Pt–M 合金**調 d 能帶中心突破
Build · 個人網站
網站這週上了什麼
- 證照牆上線:7 張 Anthropic + 3 張 Google Cloud,共 10 張
- VASP 速查簡報:四大輸入檔整理,可翻頁
- 3 篇專題學習日誌:把每天學到的記成文章
- 首頁改版:標題改作品導向、加隨機互動視覺
- 發佈流程更安全:dry-run、只提交週報檔、修正編號
Side Projects · 其他專案(簡短)
三個 side project:各一句話帶過
寵物日記 App
Pet Diary
五頁統一 Threads 版型、PWA 化;加帳號刪除 + RLS 權限;開始寫上架文件。
AI 圓桌
Fox Roundtable
三個 AI 同答一題;加模型選單、看圖、雙語;修掉長回答亂碼。
文獻分析系統
Lit Analyzer
加 PPT 匯出(pptx_exporter.py),分析結果一鍵成投影片。
這三個都是課餘做的小工具,重點還是前面的研究。