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第 1 週工作週報

Overview · 本週總覽

這禮拜做了什麼

96個吸附位點就緒
2支自動化腳本
1份論文骨架
研究前置(主角) Research

HER 輸入檔一鍵產生、逐項搞懂 INCAR、立論文骨架

個人網站 Build

證照牆、VASP 速查上線,發佈流程更安全

三個 Side Project Others

寵物日記、AI 圓桌、文獻分析各有推進

研究(文獻+自己寫的前置工具)是主軸,寫最詳細;其餘放後面簡短帶過。


Research 1 · 計算前置

HER 輸入檔:一鍵開出整批計算

教授給面 產生輸入檔 分發 POTCAR 先送 5–10 個測收斂 全批上 Taiwania 3
  • generate_H_inputs.py:吃一個 slab 的 POSCAR,自動枚舉 top / bridge / hollow 位點,每個位點一個資料夾(含 POSCAR/INCAR/KPOINTS)
  • 附兩個參考計算:clean_slab(乾淨表面)與 H2_molecule(算 ½E(H₂))
  • distribute_potcar.py:照 POSCAR 元素順序串接贗勢並驗證 TITEL
  • 只依賴 numpy —— 上國網 Taiwania 3 不必另外裝套件
目前只把「輸入檔」開出來,還沒上機計算 —— 能不能收斂、ΔG_H* 多少,上機跑過才知道。

Research 2 · 為什麼不能偷懶

隨機合金表面:只能老實枚舉

難點

  • 隨機合金表面**沒有對稱**可利用
  • slab 整片亂飄就不收斂
  • Windows cp950 印中文會報錯中斷

怎麼解

  • **幾何鄰居法**枚舉 top/bridge/hollow
  • Selective Dynamics 固定底層(模擬塊材)
  • stdout 強制轉 UTF-8
Co–Pt slab 側視與俯視結構圖

俯視看得出 Co/Pt 隨機分布 —— 正是「沒有對稱、只能逐一枚舉」的原因。


Research 3 · 參數

逐項搞懂 INCAR:防不收斂三寶

教授說過:計算不收斂

  • Co 是磁性元素 —— 不開自旋能量會錯、常卡住
  • 金屬用錯抹平方式 —— 能量抖動
  • 離子步不足 —— 結構沒鬆弛完就被截斷,變成假的「沒收斂」

對應設定(待上機驗證)

  • ISPIN = 2:開自旋極化
  • ISMEAR = 1SIGMA = 0.1:金屬用 Methfessel–Paxton
  • NSW = 300EDIFFG = -0.02IVDW = 11

Research 4 · 論文與速查

論文骨架 + VASP 四大輸入檔速查

POSCAR 原子在哪

順序即身份,第 6/7 行定元素種類與數量

INCAR 怎麼算

精度、收斂、弛豫全在這

KPOINTS 倒空間取樣

slab 用 3 3 1,c 方向真空層只取 1 點

POTCAR 贗勢

Co_pv / Pt / H,串接順序跟 POSCAR 一致

同時起草論文章節骨架(聚焦 Pt–M 二元合金篩選),大綱先定、內容隨計算進度再補。


Research 5 · 描述符

目標量:ΔG_H* 越接近 0 越好

E(slab+H) − E(slab) − ½E(H₂) + 0.24 eV = ΔG_H*
  • **不是越負越好**:太強 H 放不掉、太弱 H 上不來
  • 接近 0=**火山頂點**,最利於 HER
  • 純 Pt 已近頂點但太貴 —— 用 **Pt–M 合金**調 d 能帶中心突破
HER 火山曲線:ΔG_H* 越接近 0 活性越高

Build · 個人網站

網站這週上了什麼

  • 證照牆上線:7 張 Anthropic + 3 張 Google Cloud,共 10 張
  • VASP 速查簡報:四大輸入檔整理,可翻頁
  • 3 篇專題學習日誌:把每天學到的記成文章
  • 首頁改版:標題改作品導向、加隨機互動視覺
  • 發佈流程更安全:dry-run、只提交週報檔、修正編號
Anthropic AI Fluency 修課證書

Side Projects · 其他專案(簡短)

三個 side project:各一句話帶過

寵物日記 App Pet Diary

五頁統一 Threads 版型、PWA 化;加帳號刪除 + RLS 權限;開始寫上架文件。

AI 圓桌 Fox Roundtable

三個 AI 同答一題;加模型選單、看圖、雙語;修掉長回答亂碼。

文獻分析系統 Lit Analyzer

加 PPT 匯出(pptx_exporter.py),分析結果一鍵成投影片。

這三個都是課餘做的小工具,重點還是前面的研究。