寫好 H 吸附輸入檔產生器，把整批計算一鍵開出來

今天把 Co-Pt HEA slab 做 HER 氫吸附計算的輸入檔產生流程寫成兩支 Python 腳本，之後教授給新的面，我就能一鍵把整批計算開出來。

generate_H_inputs.py：自動掃所有吸附位點

吃一個 slab 的 POSCAR，自動枚舉 top / bridge / hollow 三種吸附位點，每個位點產生一個資料夾，內含 POSCAR / INCAR / KPOINTS / make_potcar.sh，另外附上兩個參考計算：clean_slab（乾淨表面）和 H2_molecule（算 ½E(H₂)）。幾個刻意的設計：

• 只依賴 numpy：不用 pymatgen / scipy，這樣上國網 Taiwania 3 不必另外裝套件。
• 用幾何鄰居法枚舉位點：因為是隨機合金表面、沒有對稱可利用，不能靠對稱簡化，只能用鄰居距離判斷 top/bridge/hollow。
• 自動加 Selective Dynamics：固定底部 N 層、放鬆頂層 + H（--nfix 可調），固定底層是防止整片 slab 亂飄、也是防不收斂的關鍵。
• 產出 sites_summary.csv：記錄每個位點的類型，以及最近的表面原子是 Co 還是 Pt——之後分析哪類位點最利 HER 時會用到。
• 命名慣例 類型_最近表面原子_編號（例如 top_Co_001、hollow_Pt_012），一看就知道 H 吸在哪。

踩到的坑：Windows 主控台印中文會炸

在 Windows 跑腳本時，主控台預設是 cp950 編碼，直接 print 中文或中文路徑會直接報錯中斷。解法是在程式開頭強制把 stdout 轉成 UTF-8（sys.stdout.reconfigure(encoding="utf-8", errors="replace")），這樣本機除錯和之後上國網跑都不會因為編碼掛掉。

distribute_potcar.py：一鍵分發贗勢

POTCAR 是官方授權檔不能自己生成，要照 POSCAR 的元素順序串接。這支腳本會自動讀每個資料夾 POSCAR 的元素列，處理三種組合：slab+H（Co Pt H）、clean_slab（Co Pt）、H₂（只有 H），並驗證 TITEL 對不對。

想通的工作流程

教授給面 → generate_H_inputs.py 產生輸入 → 放好 POTCAR、distribute_potcar.py 分發 → 上 Taiwania 3。上機前先送 5～10 個測收斂（含 clean_slab 和 H₂），確認 OK 再全批送，最後用 $\Delta G_{H^*} = [E(\text{slab+H}) - E(\text{slab}) - \tfrac12 E(\text{H}_2)] + 0.24$ eV 對照 sites_summary.csv 找最佳位點。

目前這一步只是把輸入檔開出來，實際能不能收斂、ΔG_H* 是多少都還沒計算，要上機跑過才知道。

今日收穫：把「重複勞動」交給腳本，之後每個新的面都是同一套指令，錯誤也少；也更清楚為什麼隨機合金不能偷懶用對稱，只能老實枚舉。

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